A unidade de conservação, que fica localizada no interior da Área de Proteção Ambiental (APA) de Guapi-Mirim, foi criada em 15 de fevereiro de 2006, através do Decreto s/nº com o objetivo de preservar os remanescentes de manguezal da Baía de Guanabara.
Os municípios que circundam a Esec da Guanabara possuem uma longa história de ocupação humana, registros de ocupação do homem pré-histórico na América e uma importante historiografia acerca da colonização da área. A esec fica dentro da APA de Guapimirim que fica entra os municípios Guapimirim,Itaboraí,Magé e São Gonçalo. Foi criado em 15 de fevereiro de 2006.
Alojamentos, áreas de camping, opções para alimentação…